DEPROEX ha implantado una organización matricial por proyecto, de manera que un Gerente de Proyectos es asignado a uno o varios Proyectos según la dimensión y/o la complejidad de los objetivos contractuales. Dicho Gerente tiene total responsabilidad en el logro de las metas de costos, calidad, seguridad y rentabilidad hasta la culminación exitosa del proyecto. Los Gerentes departamentales de la organización proporcionan y aseguran todo el apoyo logístico de los recursos requeridos por los diferentes proyectos.
En cada proyecto, DEPROEX prepara, distribuye e implanta el manual operativo del proyecto a fin de cumplir con los requisitos del cliente y de lograr las metas planteadas. Por lo tanto, el gerente del proyecto vela por su cumplimiento sin degradar la calidad de los servicios, la productividad de los procesos internos y la seguridad de la empresa.
En cuanto a la ubicación física de DEPROEX está estratégicamente cercana a la estación Altamira del Metro de Caracas, y con las facilidades de estacionamiento, centros de comidas, rápidas vías de accesos y zonas de alta densidad comercial en el este de la ciudad de Caracas.